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根据《办法》，项目应符合国家产业、技术政策和行业发展方向的有关规定；项目技术产权明晰，具有较大推广应用价值和良好市场前景；项目由省内高校二级学院或系作为项目申请单位与合作企业联合申报；项目负责人应是省内高校在编科技人员，在项目结束时年龄原则上不超过60周岁，且未作为项目负责人承担省重点科技计划在研项目。
同时，合作企业应是在福建省登记注册的、具有独立法人资格的规模以上企业；项目实施期限为2-3年，需具有明确可考核的技术、经济或产业化指标。科技人员专利技术转化、或由企业介入的高校早期研发的原创性科技项目优先考虑。
《办法》规定，各高校在校内公开征集备选项目，研究提出拟推荐的备选项目并公示；推荐的项目应兼顾工业、农业和社会发展等领域的技术需求，突出应用技术研发、科技成果和专利技术转化等类型项目。通过公示的备选项目，福建省科技厅组织专家对申报材料进行网上评审。项目经厅长办公会议研究通过后，经签约各方商议审核后，在科技项目计划下达后的20个工作日内履行项目签约手续。
各高校负责审查项目年度执行情况和经费使用情况，并于每年1月10日前，向福建省科技厅汇总报送上一年度项目总体实施情况报告、经费决算等。福建省科技厅组织或委托高校组织项目验收。
